《神奇动物在哪里》讲述1926年纽约魔法世界的危机。英国神奇动物学家纽特·斯卡曼德带着装满神奇动物的皮箱抵达纽约，不料几只危险生物逃脱。与此同时，反魔法组织"第二塞勒姆"四处煽动对巫师的仇恨，而神秘的黑巫师格林德沃的追随者也在暗中活动。纽特与麻鸡雅各布、前傲罗蒂娜及其妹妹奎妮结盟，一边追捕逃窜的嗅嗅等生物，一边对抗能制造毁灭性爆炸的默默然。当魔法国会误将雅各布认作危险源头时，众人必须揭开真相，阻止魔法世界暴露的灾难。影片展现了纽特皮箱中令人惊叹的魔法生物世界，以及魔法师与麻鸡之间意想不到的友谊。