《生化危机3：灭绝》讲述了爱丽丝（米拉·乔沃维奇饰）被保护伞公司复制，成为伊萨克博士（伊恩·格雷饰）的研究标本。她体内的DNA能够对抗T病毒，因此伊萨克博士试图利用这一点提升僵尸的杀伤力。爱丽丝接到人类的求救信号，却陷入陷阱，几经拼杀才得以自救。她在梦中感受到体内强大力量的召唤，显然实验室对她进行了改造。伊萨克博士还为僵尸注入人类血液，激活其心智，使其变得更强大且无法控制。三年后，地球成为不毛之地，内华达州的幸存者结成同盟，爱丽丝隐藏身份加入其中，因实验室赋予的超能力，她被迫成为间谍。卡洛斯是唯一理解她的人，两人也因此陷入暧昧关系。爱丽丝必须面对僵尸的威胁，同时揭露保护伞公司的阴谋。