《黑色城市》讲述了一个充满犯罪与动作的故事。林丹（甄子丹饰）是一位正直的警察，因不满上司的卑鄙行为愤而辞职。他的好友边涯（江洋饰）同样怀有抱负，却也被上司排挤，降级为巡警。边涯试图劝林丹留下，但林丹已对警界彻底失望，选择离开。与此同时，黑帮头目端木凌风（邹兆龙饰）为寻找失传的圣堂古璧，不惜杀人放火。古璧被分成三块，分别属于三个少年男女。为了保护古璧，他们遭到端木凌风及其手下的追杀。边涯多次救助这些孩子，而林丹也在关键时刻出现，击退杀手。最终，孩子们与边涯找到了传说中的宝藏箱，但端木凌风率人抢夺，双方展开激烈搏斗。林丹赶到时，边涯已奄奄一息，临终前恳求林丹照顾孩子们。林丹悲愤交加，与端木凌风展开生死决战。