双叶幼稚园的老师们带着小新等小朋友去乘坐游船，大家度过了一个愉快的晚餐时间。然而，就在此时，一名身穿紧身衣的女子突然爬上了游船。原来她是秘密组织SML的成员，SML是一个致力于维护世界和平的组织。为了阻止邪恶组织“猪蹄组”征服世界的计划，她被派去潜入猪蹄组，偷取他们执行计划的核心元件。然而，在逃亡的过程中，她无意间登上了小新一行人搭乘的游船，导致小新和他的朋友们也被卷入了这场正邪对抗的战斗中。随后，他们被带往猪蹄组的基地，发现猪蹄组的计划是利用大袋博士开发的新型电子生命体“肥嘟嘟左卫门”入侵全世界的电脑系统，进而控制全球。小新和他的朋友们必须与SML的成员合作，阻止这场灾难的发生。