在神秘的能量晶体引发全球异变后，沉睡千年的远古巨兽哥斯拉突然苏醒。与此同时，被基因改造的超级金刚从实验室逃脱。当两大巨兽在城市相遇时，意外发现彼此竟能通过特殊频率交流。原来它们体内都流淌着上古守护者的血脉，而邪恶组织正试图利用晶体能量控制所有变异生物。为阻止世界被奴役，这对看似天敌的巨兽组成临时同盟，哥斯拉喷吐原子吐息开路，金刚挥舞雷电战斧冲锋。它们一路从摩天大楼打到地下基地，最终合力摧毁能量核心。濒临暴走的哥斯拉在金刚的吼声中恢复理智，两大巨兽在朝阳下背对背离去，留下满地机械残骸与人类惊愕的目光。