在《命运之夜——天之杯II：迷失之蝶》中，圣杯战争的残酷真相逐渐浮出水面。间桐樱体内的黑暗力量失控，导致冬木市陷入诡异阴影。卫宫士郎发现樱与黑影的关联后，决心背离"正义伙伴"的理想，只为守护她一人。随着前代御主言峰绮礼的阴谋展开，黑化Saber Alter登场，而樱的哥哥间桐慎二也沦为牺牲品。当间桐脏砚操纵着樱体内的"此世全部之恶"时，士郎面临抉择：是否使用 Archer 的手臂力量来对抗危机，即使这会加速自身的消亡。与此同时，远坂凛与 Rider 结盟，试图挽救逐渐被黑暗吞噬的妹妹樱，而伊莉雅斯菲尔则掌握着解开圣杯秘密的关键。黑影蔓延之际，所有角色的命运都朝着不可逆转的悲剧方向发展。