在《变形金刚之雷霆舰队》中，400万年前，塞博坦星陷入连年战乱，一支被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族为寻求和平，驾驶宇宙船逃离母星。然而他们的飞船意外穿越时空，最终坠落在地球上。时光流转至现代，地球少年雷德与同学们偶然在一艘太空船残骸中发现了一名沉睡的微型金刚。这个发现同时触发了传向宇宙的信号，引来了汽车人与霸天虎两派势力的关注。为争夺这些蕴含强大力量的微型金刚，两派变形金刚再度集结地球，延续他们在塞博坦星未完成的战争。少年雷德由此卷入这场跨越时空的机械生命体之战，他与微型金刚的羁绊将成为左右战局的关键。