在暴雨夜被神秘白光带走的4400人突然回归，每个人都带着无法解释的超能力。第二季的混乱才刚刚开始：政府成立了「NTAC」部门监控这些「被选中者」，而回归者们发现自己被卷入一场跨越时空的阴谋。单亲妈妈香特尔获得预知能力后，看到的全是血色预警；高中生马利克能操控他人情绪，却控制不了自己逐渐黑暗的内心。当一位回归者暴毙时，他们发现白光在每个人体内埋下了定时炸弹般的致命程序。这次不再是个人生存之战——4400人必须解开谁在操控这场人类进化实验的真相，而监视他们的NTAC探员戴安娜，她的女儿正是失踪名单上唯一没有回归的孩子...