《4400第三季》繼續講述了4400名被外星人綁架后突然返回地球的人們的故事。這些失蹤者被賦予了特殊能力，他們的回歸引發了社會的廣泛關注和恐慌。第三季中，主要角色們面臨著新的挑戰，包括政府對他們的監控和追捕，以及內部成員之間的矛盾與衝突。喬·格拉什飾演的湯姆·鮑德溫和杰奎琳·麥根斯飾演的戴安娜·斯凱爾斯繼續調查這些事件的真相，試圖揭開外星人綁架背後的秘密。同時，年輕的Conchita Campbell飾演的瑪雅·斯基爾斯展現出越來越強大的能力，成為團隊中的重要力量。隨著劇情發展，4400人逐漸意識到他們的命運與地球的未來緊密相連，必須團結一致才能應對即將到來的危機。