《尸者帝国》的故事背景设定在十九世纪末的伦敦，当时对尸体的研究已达到极致，死亡不再是生命的终点，灵魂消散但肉身永存的人被称为“尸者”，被用作廉价而高效的劳动力。华生是一位出色的医学生，他的好友Friday意外身亡后，华生违背政府规定，私自将Friday制成尸者。这一举动使他被卷入名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构。华生与Friday一同踏上了前往阿富汗的旅程，目的是寻找《维克多手记》，这本手记由弗兰肯斯坦博士撰写，记载了制造拥有意识的尸者The One的方法。他们追寻的目标是一位名叫卡拉马佐夫的牧师，他可能是手记的持有者。在旅途中，华生逐渐揭开了尸者背后的秘密，并面临道德与科技的双重考验。