《半妖的夜叉姬》讲述了三位继承了妖怪与人类血脉的半妖少女——永远、刹那和诸叶的故事。永远的姐姐刹那，在幼时因森林大火与永远分离。永远通过能穿越时代树的时空隧道，从战国时代来到现代，被戈薇所在的日暮家收养，成长为精通武道的女初中生。刹那则留在战国时代，在除妖师首领琥珀的手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”的称号，每天都在与妖怪战斗。十年后，时代树的时空隧道再度开启，永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那却失去了对永远的记忆。包括诸叶在内，三位半妖少女在现代与战国时代之间展开了一场波澜壮阔的冒险。