《哭泣杀神》讲述了一位充满朝气的陶艺家火野村窑在一次展览中意外获得了一卷记录中国黑社会“百八龙”残忍杀人场面的胶卷。百八龙为了夺回胶卷，绑架了窑，并通过强力催眠术将他培养成一名杀手，代号“Freeman”。窑接受了杀手训练，并在身上刺上了象征自由的龙刺青，因每次杀人后都会流泪，被称为“Crying Freeman”。独身日本女画家日野绘雾在香港目击了Freeman的杀人过程，虽然意识到自己可能被灭口，却被杀人后流泪的Freeman吸引。Freeman前来刺杀绘雾时，被她“死之前希望成为女人”的愿望动摇，最终爱上了她而不忍下手。然而，黑帮组织“白真会”成员入侵绘雾家，与Freeman展开冲突，绘雾重伤。Freeman将她送往医院，并约定在窑场再会。康复后，绘雾与Freeman一同返回百八龙，Freeman亲手为她刺上虎刺青。百八龙首领赋予Freeman和绘雾中文名“龙太阳”和“虎清兰”，并准许他们结婚。Freeman被赋予继承百八龙的使命，却在继承仪式上被不满的百八龙孙女白牙扇刺杀，百八龙也卷入纷争。此后，Freeman率领百八龙与国际犯罪组织展开周旋。