东京警视厅特搜班的办公室弥漫着咖啡与紧张交织的气息。井之原快彦饰演的宗方朔太郎盯着白板上新出现的连环杀人案照片，被害者手腕上相同的奇怪符号让整个小组陷入沉思。这个符号与五年前未解决的"银座俱乐部纵火案"如出一辙，而当年负责此案的刑警正是宗方已故的搭档。
深川麻衣饰演的新人刑警佐伯美咲在整理档案时意外发现，所有被害者都与某个地下医疗实验有关。当调查指向某位政界要人时，特搜班内部开始出现分歧——有人主张彻查到底，有人则收到神秘警告。中村梅雀饰演的课长面临上级施压，而宗方必须在保护组员安全与揭露真相之间做出抉择。
第六季将特搜班成员的个人过往与案件紧密交织，当羽田美智子饰演的法医发现被害者体内存在相同基因改造痕迹时，一个涉及政商勾结的庞大阴谋逐渐浮出水面。每个角色都不得不面对自己的道德边界，而那个隐藏在警视厅高层的"第九人"身份，将成为本季最大谜团。