《学园默示录》讲述了平凡高中生小室孝在丧尸病毒爆发的末日危机中的生存故事。某日，床主市突然出现大量丧尸般的"死体"，孝所在的藤美学园也遭到袭击。为求生存，孝与青梅竹马宫本丽、天才少女高城沙耶等幸存者组成逃生小队。在这个秩序崩坏的世界里，人性黑暗面逐渐暴露：有人为自保出卖同伴，有人陷入疯狂。当丽的男友井豪永为保护众人被咬变异后，小队成员不得不面对残酷现实。他们一边躲避丧尸追击，一边在道德沦丧的环境中坚守人性底线，在废弃城市中寻找避难所。随着物资匮乏与内部矛盾加剧，这群学生必须放下天真幻想，用智慧与勇气在这地狱般的世界中杀出一条生路。