《幽灵公主》讲述的是室町时代虾夷族少年阿席达卡的故事。某日，他的村落遭到被称为“邪魔神”的怪物袭击，阿席达卡为了保护村庄与邪魔神战斗，却因此受到诅咒。村里的女巫建议他前往西方寻找解除诅咒的方法。旅途中，阿席达卡拯救了两名来自炼铁据点“达达拉城”的居民，并得知邪魔神身上的铁弹正是达达拉城所造的火枪所致。达达拉城的统治者黑帽大人因炼铁砍伐森林，与森林神祇发生冲突。阿席达卡起初对黑帽大人的行为感到愤怒，但在看到达达拉城为穷人和痳疯患者提供生存机会后，内心开始动摇。之后，他遇到了由犬神养大的少女小桑，人称“幽灵公主”，她憎恨黑帽大人，一心想要复仇。阿席达卡试图调解双方冲突，却意外受伤，被小桑带回森林疗养。随着局势恶化，阿席达卡发现黑帽大人计划夺取森林神祇“山兽神”的首级以获得长生不死的能力。面对即将爆发的战争，阿席达卡努力寻找化解冲突的方法。