《空山灵雨》的故事发生在名为“三宝寺”的古刹中，住持即将圆寂的消息引发了江湖风波。寺庙中藏有珍贵的手写经书《大乘起信论》，谁能接替住持衣钵，便能获得这本无价之宝。住持有三个徒弟，大师兄和二师弟已被王将军和施主文安收买，只有三师弟慧思真心为寺庙着想。住持请来王将军、文安和悟外法师参与传位之事，文安甚至带来女飞贼白狐以备不测。与此同时，一位名叫邱明的男子来到寺中剃度为僧，他本是含冤受屈的流犯，而害他家破人亡的罪魁祸首竟藏身于寺庙之中。各方势力为争夺经书展开明争暗斗，寺庙内外暗流涌动，一场关乎人性与正义的较量逐渐展开。