《空之境界》讲述了一个充满谜团与超自然现象的故事。在一个炎热的夏末，废弃大楼接连发生少女自杀事件，这些少女彼此毫无关联，自杀动机不明，引发社会恐慌。唯一知晓真相的是苍崎澄子，她的真实身份是最高位的人偶师。两仪式，一名拥有“直死之魔眼”能力的和服女子，开始调查这些事件。在她的眼中，万物都刻有“死线”，只需沿着线切割便能摧毁一切。为了揭开真相，两仪式来到废墟大楼，等待着她的不仅是阴谋，还有悲剧的开端。与此同时，拥有未来视能力的濑尾静音与黑桐干也相遇，了解到未来视的真相，却也预见了干也的悲剧命运。另一边，职业炸弹狂魔仓密目琉夏利用未来视制造恐怖袭击，故事逐渐展开一场关于命运、能力与真相的复杂交织。