《神无月的巫女》講述了远古之神大蛇企图毁灭世界，因此诞生了两位救世巫女的故事。这两位巫女通过不断的轮回转世，每次相遇后合力封印大蛇。在现代，普通高中生来栖川姬子其实是"日之巫女"的转世，而姬宫千歌音则是"月之巫女"的转世。为了再次封印大蛇，两人必须召唤传说中的剑神"天丛云"。然而，大蛇的八位仆人（代表着人性的八个黑暗面）多次袭击她们，试图阻止这一计划。与此同时，原本是大蛇仆人之七的大神相马因暗恋姬子而背叛大蛇，多次拯救她们，但也因此引发新的风波。两人无法分离的命运，正是身为“神无月之巫女”的宿命。