在《冒险！伊库莎3》的故事中，时间来到前作大战后的二十年。尽管伊库莎1与地球战士加纳渚以牺牲为代价击败了邪恶支配者Big Gold，但其终端Neos Gold却意外获得了新的黑暗力量，再次将魔爪伸向地球。这次挺身而出的是伊库莎1的妹妹伊库莎3，她与加纳渚的孙女霞渚组成全新搭档。两位少女继承前辈的意志，驾驶强化机甲展开跨星际追击，在月球基地与火星殖民地的激战中逐渐揭开Neos进化的真相。当她们突入敌方核心时，却发现Neos背后隐藏着更惊人的秘密——它竟是初代伊库莎战斗数据的黑暗具现化。面对这个由姐姐战斗记忆扭曲而成的敌人，伊库莎3必须在拯救宇宙与守护姐姐荣耀之间作出终极抉择。