《少年方世玉》讲述了清朝末年广东少年方世玉的故事。方世玉自小顽皮机敏，在母亲苗翠花的教导下练就一身好武功，但因好胜心强，经常在外闯祸，母亲常常为他解围。父亲方德虽知母子二人行侠仗义，但也无奈其顽劣。一次，方世玉与新来的洪熙官因误会大打出手，方德决定送儿子前往杭州投考通天书院，希望他走上仕途。然而，考试期间，方世玉与女扮男装的严咏春成为斗气冤家，并揭穿了她的身份，引来雷人王的报复，失去考试资格。方世玉不甘心，再次投考，却因家境被雷老虎嘲笑，愤而砸了书院牌匾。随后，他入读父亲创办的琼花书院，与洪熙官成为同窗。在书院中，同窗胡惠乾因父亲病重收受雷人王好处，嫁祸方世玉，后良心发现供出真相，方世玉与雷家的恩怨由此展开。方世玉与挚友洪熙官、胡惠乾等人联手，智斗雷老虎、李巴山，最终打败武林魔头白眉道长，拯救武林。