《On Call 36小时II》讲述张一健（马国明饰）与范子妤（杨茜尧饰）婚后生活甜蜜，子妤怀有身孕。然而，医院突发灾难，伤者感染传染病，子妤因负责手术被隔离，幸得病理学家洛文笙（吴启华饰）解决危机。子妤虽脱困，却旧病复发，需接受电疗，最终无奈流产。一健为保护子妤，隐瞒手术病人的医疗纠纷，同时母亲黄笑莺的病情恶化，家庭与工作压力使他焦虑倍增。子妤因电疗暂别医生工作，疗养期间反思人生，重拾职业热情，决定转修病理科。一健误以为子妤因流产自暴自弃，坚决反对她的决定，二人矛盾加剧，最终选择分开冷静。故事展现了医者在家庭与职业间的挣扎与成长。