《惊爆十三天》讲述了1962年10月古巴导弹危机期间的故事。美国情报官员通过U2侦察机拍摄的照片发现，苏联正在古巴首都哈瓦那西南的圣克利斯托瓦尔修建基地，并部署中短程导弹及核武器轰炸机。这些导弹能够威胁到美洲大多数重要城市，引发美国高层的恐慌。面对这一危机，美国总统约翰·肯尼迪及其弟罗伯特·肯尼迪冷静应对。10月22日，肯尼迪总统通过广播向全国和全世界通告苏联在古巴部署核导弹的事实，并指出这是“蓄意的挑衅”。美国随后对古巴实施海上封锁，要求苏联撤出核武器。这场危机将世界推向了核战争的边缘，成为冷战期间最为紧张的时刻之一。影片展现了美国高层在危机中的决策过程，揭示了历史的惊心动魄。