《灰色：幻影扳机》讲述了在希思奥斯陆事件曝光后，美日反恐组织CIRS被揭露，随之诞生了一个新的机构SORD，专门训练精英特工。美滨学院原本是一座废弃的学校，现被改造为SORD的训练场之一，专门收容那些因各种原因无处可去的少女们，并将她们培养成致命特工。这些少女们手持实弹，面对危险的任务，为国家的未来牺牲自己的安全。主角玲奈擅长使用手枪，桐花精通狙击，克莉丝擅长炸弹与信息处理，邑沙季则负责谍报活动。她们以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。故事围绕她们在执行任务中的成长与挑战展开，展现了她们在危险环境中的坚定意志与团队合作。