《古畑中学生》讲述了名侦探古畑任三郎的少年时代。15岁的任三郎因父母关系转学到小山区，他热爱推理小说，但性格内向，不太主动与同学接触。一天，学校的小花圃被人恶意践踏，任三郎凭借推理找出了“元凶”，从此在学校里声名鹊起。他索性在后山一间空置的房屋内办起了侦探事务所，但最初接到的委托都是一些琐碎小事。直到有一天，有人上门委托寻找失落的宝藏，事情才变得复杂起来。随着调查的深入，任三郎发现自己逐渐陷入危险之中，而这一切似乎是一个精心设计的局。在关键时刻，他平日最不信任的人出手相救，让他意识到信任与真相的重要性。这段经历成为了古畑任三郎侦探人生的起点。