在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人——来自欧洲英格拉姆帝国的女王莎莉贝丝，随行的还有她年幼的儿子菲利浦王子。女王携带着欧洲最大的宝石——水晶之母，这引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置了大批保镖和警力。中森警官作为日本警方的总代表，负责此次安保工作，他的女儿青子也随行在列车上。柯南和小兰等人也在列车上，他们意外卷入了这场宝石保卫战。随着列车行进，基德果然现身，他巧妙地避开了重重警戒，试图接近宝石。柯南凭借敏锐的推理能力，识破了基德的计划，并与之展开了一场智力的较量。最终，柯南成功阻止了基德，保护了水晶之母的安全。