《Little Busters!Refrain》延续了前作的故事线，讲述了直枝理树与Little Busters成员们最后的校园时光。随着毕业临近，领袖恭介突然提议组建棒球队，理树在招募新成员的过程中逐渐发现这个世界的异常。当同伴们接连遭遇意外，理树终于意识到他们所处的世界其实是恭介创造的虚拟空间，目的是让成员们通过共同克服困难获得成长。面对即将崩溃的世界，理树必须在拯救同伴与接受现实之间做出抉择。最终成员们直面各自的心结，在泪水中完成蜕变，带着Little Busters的精神走向真实的人生。