在樱花盛开的季节里，草帽海贼团正享受着无忧无虑的航行。途中，乔巴救下了一个魁梧的男子，他的右腕装配着用海楼石制成的机械手腕，任何触碰它的人都会失去能力。原来，这名男子是曾培养出无数优秀弟子的原海军大将Z。苏醒后，Z得知路飞等人的身份后，立刻与他们反目成仇，并与随后赶来的下属艾伊和宾兹一起对草帽海贼团展开了残酷无情的攻击。Z因过去的某件往事而对海贼极度憎恨，他正策划一项恐怖计划，意图带领“NEO海军”将新世界的海贼一举歼灭。他的行动引起了海军本部的忌惮，而惨败的路飞等人也将面对这个前所未有的敌人，展开新的挑战。