《情事缉私档案》讲述了私家侦探何奇通（郭蔼明 饰）与警察耀祖（郭晋安 饰）之间的故事。奇通因童年时父亲出轨离家，母亲因此郁郁而终，她对出轨的男人深恶痛绝。一次，她受委托调查一名警察的婚外情，过程中结识了耀祖。耀祖因多次为同事掩饰婚外情，令奇通对他产生反感。奇通完成任务后，与耀祖结下梁子。随后，奇通重逢中学好友宝怡（汤宝如 饰），得知她是耀祖的女友，便提醒她提防耀祖，甚至教她跟踪术，令耀祖不胜其烦。一次，耀祖因工作需要出入色情场所被奇通拍下照片，宝怡拿着照片质问耀祖，导致他的工作受到影响，两人的关系更加恶化。后来，宝怡怀孕并准备与耀祖结婚，却在婚礼当天突然失踪。耀祖四处寻找宝怡，最终因旷工被开除。故事围绕着出轨、信任与爱情展开，揭示了复杂的情感纠葛与人性的考验。