《攻壳机动队：崛起3》讲述了公安九课少校草薙素子在短暂假期中接到巴特的紧急报告，西之内某大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨头被杀。草薙迅速指挥九课成员石川、波玛、帕兹和巴特展开行动，成功制服恐怖分子，但草薙在行动中意外感染了神秘病毒。与此同时，远郊的水坝发生爆炸，新滨县刑警陀古萨传唤水坝管理企业负责人沙特博士，却发现对方来自战火纷飞的卡森共和国。警方高层施压下，陀古萨未能获取有用信息。草薙一方随后发现，恐怖分子竟是卡尔迪斯游击队。两起案件意外关联，背后隐藏着更为复杂的真相，草薙和九课成员必须揭开谜团，阻止更大的阴谋。