《攻壳机动队：崛起2》讲述了公安九课少校草薙素子（坂本真绫配音）受课长荒卷大辅（塾一久配音）指示调查运输机神秘并机事件的故事。在调查过程中，素子遭遇了由巴特（松田健一郎配音）率领的武装分子袭击，同时全国交通管制系统意外瘫痪。事件的背后与前七八联合部队长官曾我和哉（泽木郁也配音）有关，他因制造难民虐杀事件被国家指控，但其下属认为是国家阴谋。曾我试图通过网络揭露大国的丑行，不甘被污名化。素子在调查中逐渐揭开真相，同时也在组建自己部队的道路上迈出重要一步。本片是《攻壳机动队》前传“ARISE”系列的第二部。