《攻壳机动队：崛起5》讲述了2029年1月，新滨市郊外发生了一起飞机爆炸的恐怖袭击事件。公安九课在荒卷的领导下，接到美军情报部的请求，共同调查此案。嫌犯被认为是买卖电子脑病毒“火种”的中间人，绰号“纵火魔”。纵火魔被派遣暗杀穂积上校，并策划了飞机爆炸事件，杀害了追查他的美军情报员。草薙将穂积作为诱饵，设下包围网试图逮捕纵火魔。在激烈的电子脑战中，草薙成功压制了纵火魔，但发现其身份竟与飞机失事现场的恐怖分子遗体一致。随后，草薙一行人被排除在共同搜查之外，转而负责护送穂积上校到美军情报部。然而，纵火魔成功逃脱，杀害了设施内的技师，并袭击了草薙一行人。纵火魔的电子脑中只剩下一个意志：保护能将所有人进化的钥匙——“火种”。