《南方公园第三季》继续讲述了四个小男孩——斯坦、凯尔、卡特曼和肯尼在南方公园小镇的冒险故事。这一季中，他们经历了一系列荒诞搞笑的事件。卡特曼为了赢得一场比赛，不惜装病骗同情；斯坦和凯尔则卷入了一场关于外星人入侵的闹剧；肯尼依旧在各种意外中“死去”又复活。此外，小镇还迎来了一个疯狂的节日“Whacking Day”，居民们纷纷参与其中。这一季还讽刺了社会热点话题，如名人文化、环保主义和宗教信仰。四个男孩在爆笑的同时，也引发观众对现实问题的思考。他们的友谊在一次次冒险中变得更加坚固，而南方公园的居民们也继续过着他们荒诞又真实的生活。