《穿越时空的思念》讲述了元军攻打日本时，中国大陆的妖怪为夺取死者魂魄东渡日本，与犬夜叉的父亲斗牙王激战后被封印在斗牙王的牙齿中。数百年后，战国时代，四魂之玉的碎片唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。玛瑙丸为解开封印，派随从琉璃、玻璃引诱犬夜叉一行人前往不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。封印解除后，玛瑙丸力量大增，同时琉璃、玻璃夺走了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入困境。戈薇的意识被玛瑙丸控制，被迫用箭再次封印犬夜叉，随后被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代。故事围绕犬夜叉一行人与玛瑙丸的对抗展开，充满了冒险与情感的交织。