《马达加斯加的企鹅第一季》讲述了四只企鹅的冒险故事。老大为了给最疼爱的小老弟菜鸟庆生，带领菜鸟以及搭档科斯基、瑞哥闯入了美国黄金储备中心，目标是找到金库尽头的一台炸薯条自动贩卖机。然而，他们刚完成任务，就被长着触角的贩卖机吞了进去，随后被运到一个神秘的地方。在那里，他们遇见了伪装成基因遗传科学家的章鱼戴夫。戴夫曾是动物园的明星章鱼，但因企鹅们的到来而失宠，心生怨恨。他研制了可怕的血清，计划向所有动物园中的企鹅展开报复。在逃亡过程中，企鹅们得到了北风特工队的帮助，他们与这些高傲的特工队员一起，试图阻止戴夫的阴谋，保护企鹅们的安全。