在上篇中，夜神月设计除掉了女友和跟踪自己的FBI探员，并趁机混进了调查本部。然而，L对他的怀疑并未消除，新一轮的智力游戏继续展开。与此同时，死神雷姆将另一本“死亡笔记”扔到人间，被极度崇拜“基拉”的少女弥海砂获得。弥海砂以一半性命为代价得到了死神之眼，并主动联系夜神月，答应协助他除掉L，条件是让月做她的男朋友。L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室。为救弥海砂并自保，夜神月想出了一个绝妙的计划。同时，樱花电视台主播高田清美在追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，第三名基拉随之出现。两个死神、两本“死亡笔记”、三个基拉，局势愈发扑朔迷离。两位天才夜神月和L谁最终能洞悉真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？