石之森学园中学迎来了新的学年，有栖川彻子转学到这里，被人称作“爱丽丝”。虽然她可爱灵巧，但同学们对她的到来多有忌惮，令她倍感郁闷。不久后，爱丽丝听说了一年前发生在3年1组的一个杀人事件的传言，还得知她家旁边有一个被称作“花屋敷”的可怕地方，附近的中学生都不敢靠近。据说花屋敷内住着长期旷课的女孩荒井花，她也是爱丽丝的同学。为了弄清杀人事件的真相，爱丽丝决定潜入花屋敷一探究竟。她发现花闭门不出的原因与这起事件有关，两个原本互不相识的女孩因为这起“世界最小杀人事件”的谜团走到一起，携手展开了不同寻常的冒险之旅，最终揭开了真相。