《超人与蝙蝠侠：启示录》讲述了超人、蝙蝠侠与超级少女Kara ZorEl的故事。剧情承接前作《超人与蝙蝠侠：公众之敌》，地球因氪石碎片的散落而面临威胁。蝙蝠侠在海底清理碎片时发现了一艘宇宙飞船，随后哥谭城出现了一位来自氪星的少女Kara ZorEl，她是超人的堂姐。尽管蝙蝠侠对Kara的身份有所怀疑，超人仍决定保护她并帮助她适应地球生活。Kara在天堂岛接受训练时，反派Darkseid突然袭击并将她掳走。超人和蝙蝠侠前往Apokolips营救Kara，却发现她已被Darkseid洗脑，并被命令杀死超人。一场激烈的对决由此展开，超人、蝙蝠侠必须联手拯救Kara并阻止Darkseid的阴谋。