《老鼠危机：塞纳河之乱》讲述了法国巴黎垃圾堆街老鼠猖獗的故事。这些老鼠体型巨大，一周内已发生三起咬人事件。医院收治了在泳池被老鼠咬伤的病人，除鼠工保罗也被凶猛的老鼠咬伤，出现头晕出汗的症状，不得不入院治疗。一只走失的小猫掉入垃圾桶后，被老鼠吃得只剩骨头。老鼠繁殖能力惊人，它们的巢穴竟是医院实验室一处潮湿温暖的废旧仓库。老鼠从这里四处出击，咬伤的人数越来越多。医生用激素将老鼠汇集到游泳池，准备出动军队消灭老鼠，同时也会消灭携带病毒抗体的小白鼠。然而，致病的老鼠并未被完全消灭，远处，新的一窝老鼠又出生了……