在《福音战士新剧场版:Q》中,世界因初号机神化觉醒引发的近三冲击而彻底改变。14年后,反抗组织WILLE由葛城美里领导,致力于对抗SEELE和NERV。WILLE派遣明日香和真希波前往太空,试图夺回被封印的初号机及其驾驶员碇真嗣,但严令禁止真嗣再次驾驶初号机。迷茫的真嗣跟随绫波丽登上入侵的九号机,回到已成废墟的NERV总部。在那里,他重逢了思念已久的绫波,并从父亲碇源堂那里得知将与神秘少年渚薰共同驾驶十三号机。随着真相逐渐揭露,真嗣必须面对14年空白带来的巨大变化和复杂情感纠葛,而渚薰的出现更将颠覆他对这个世界的认知……