在经历毁灭性的"第二次冲击"后，世界开始艰难重建。14岁的碇真嗣应父亲碇元渡之邀来到第三新东京市，却意外遭遇神秘巨型生物"使徒"的袭击。危急关头，NERV特工葛城美里救下真嗣，将他带往父亲领导的组织总部。然而等待真嗣的并非亲情，而是一道冷酷的命令——驾驶名为EVA的巨型人形兵器对抗使徒。原本拒绝的真嗣，在看到重伤的替补驾驶员绫波丽后改变了主意。毫无战斗经验的少年被迫坐上初号机，肩负起拯救世界的重任。与此同时，碇元渡暗中推进的"人类补完计划"也逐渐浮出水面，而这位深不可测的父亲似乎早已预见了所有发展。