公元2012年，神秘种族MU突然降临东京，美军与自卫队联合反击却惨败收场。MU用"TOKYO JUPITER"屏障将东京与外界隔绝，地球各国组成联合军对抗。2027年，反MU组织TERRA实施"OVERLORD"渗透行动期间，少年神名绫人意外驾驶巨型机器人RAHXEPHON投向地球阵营。随着绫人逐渐觉醒特殊能力，他发现自己与MU少女美嶋玲香存在神秘联系。在TERRA成员如久远、紫东遥等人协助下，绫人揭开MU族真实目的与东京屏障内隐藏的惊人真相。当两个文明的冲突达到顶点时，绫人必须做出抉择——是毁灭旧世界还是创造新纪元。这场关乎人类存亡的终极交响曲已悄然奏响。