《暗杀教室：修学旅行篇》讲述了椚丘中学3年E班的学生们在京都修学旅行期间继续尝试暗杀他们的老师“杀老师”的故事。杀老师是一个神秘生物，曾蒸发掉月球的70%，并威胁在次年3月毁灭地球。尽管各国政府用尽手段都无法阻止他，他却选择来到学校担任教师。学生们以潮田渚、赤羽业为首，始终未放弃暗杀他的计划。在这次修学旅行中，学生们一边享受着旅行的乐趣，一边精心策划新的暗杀行动，试图利用京都的独特环境找到机会。然而，杀老师拥有20马赫的超高速，使得暗杀任务几乎不可能完成。尽管如此，学生们依然坚持不懈，展现了他们的智慧与勇气。