《地下幻灯剧画 少女椿》讲述了大正时代，孤苦无依的少女绿子被一个异人杂技团收留。这个杂技团充满了怪异的成员，包括行为诡异的团长、力大无穷的巨人、失去双手的木乃伊、阴险的蛇女、男扮女装的少年以及脖子畸形的男人。绿子在团中不断遭受这些成员的骚扰和侵犯，生活陷入无尽的痛苦。直到一个精通幻术的侏儒魔术师加入杂技团，他对绿子的关爱让她感到一丝温暖，两人逐渐相爱。魔术师的到来使杂技团生意兴隆，地位也得到提升。然而，嫉妒心驱使魔术师对曾经侵犯绿子的成员展开报复。当绿子以为可以摆脱痛苦、与魔术师一起离开时，魔术师意外被杀。绿子发现一切仍未改变，她在天地间绝望哭喊，噩梦依旧挥之不去。