《校园克星OVALittleBusters!EX》讲述了主人公直枝理树从小因双亲去世而陷入自闭，直到有一天，他遇到了自称“Little Busters”的四名少年——枣恭介、枣铃、井之原真人和宫泽谦吾。他们声称世界面临巨大危机，需要理树的帮助。虽然他们的行动常常引发混乱，甚至引起了火灾和蜜蜂的袭击，但这些经历却让理树逐渐走出孤独，融入了他们的生活。长大后，五人一同进入全宿制高中，继续过着快乐的日子。某天，恭介提议组建棒球队，理树和铃在一只名叫列侬的猫身上发现了一张神秘的纸条，上面写着“请找出这个世界的秘密”。这个线索引发了他们新的冒险，五人开始探索隐藏在世界背后的真相，同时也面对各自的烦恼与成长。