在邪神加坦杰厄被击败两年后，GUTS考古队在南太平洋遗迹露露耶发现了超古代城市废墟。入间队长与队员们在探索中意外唤醒三尊黑暗巨人石像——卡蜜拉、达拉姆和希特拉。卡蜜拉揭露迪迦奥特曼曾是黑暗战士首领的过往，并企图用黑暗力量侵蚀大古。为阻止黑暗巨人毁灭现代文明，大古再度变身为迪迦奥特曼。在露露耶遗迹的最终决战中，迪迦先后击败达拉姆与希特拉，最终面对因爱生恨的卡蜜拉。当卡蜜拉吸收遗迹能量进化为迪莫杰厄时，超古代战士幽怜启动光之结界，迪迦集结人类希望之光转化为闪耀形态，彻底消灭了黑暗势力。战后遗迹沉入海底，大古失去变身能力，与丽娜开始了平凡的新生活。