《星际之门：亚特兰蒂斯》第一季讲述了人类探险队发现远古文明"古人"遗留的星际之门网络后，意外激活通往飞马座星系的传送门。一支国际科学家与军事人员组成的团队抵达传说中的亚特兰蒂斯城，却发现这座漂浮在海洋上的高科技城市能量即将耗尽。在探索过程中，他们唤醒了沉睡的吸血异形种族"幽灵"，这些以人类生命为食的怪物曾在一万年前击败古人。以谢泼德少校为首的探险队必须联合飞马座星系的原住民文明，同时学习掌握古人的先进技术，才能在这个充满敌意的新星系中生存下来。随着剧情发展，团队逐渐揭开亚特兰蒂斯与幽灵之间惊人的历史联系，并发现幽灵其实是古人失败的生物实验产物。每集通过不同的星际之门任务，展现团队成员面对外星威胁、道德抉择与内部矛盾的冒险故事。