在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落地球，人类花费十年时间修复并将其命名为MACROSS。2009年，MACROSS要塞正在举办偶像歌星林明美的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始变形。战斗中，飞行员一条辉驾驶变形战机救下一名少女，却因速度过快撞进外层空间。与此同时，人类与异星种族Zentraedi的战争爆发，幸存者在战后融合，开启了银河播种计划。2059年，移民船团Macross Frontier航行于银河系中心附近，遭遇不明敌人攻击。偶像歌手雪露·诺姆来到Frontier举行演唱会，兰花·李在途中邂逅飞行员候补生早乙女有人，三人的命运从此交织。面对未知的威胁，Frontier船团的人们将如何应对？新的Macross物语就此展开。