《巴哈姆特之怒 GENESIS Short Story》讲述了一个人、魔、神三族共存的神秘世界。两千年前，拥有银黑色翅膀的巴哈姆特曾给世界带来毁灭性的危机，三族合力将其封印，封印的钥匙被分为两部分，分别由神与魔掌握，确保巴哈姆特永不苏醒。然而，和平持续了两千多年后，人类逐渐将巴哈姆特视为至高无上的存在。某天，一位少女夺走了由神掌握的封印钥匙，导致封印被破坏，巴哈姆特再度苏醒，世界陷入绝望的深渊。面对即将到来的毁灭，谁能成为带来希望的救世主？故事围绕这场危机展开，展现了角色们在绝望中寻找希望的历程。