高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机，莲觉醒了“PERSONA”能力，并与新认识的伙伴们组成了“心之怪盗团”。他们的目标是将那些被邪恶欲望扭曲的大人们的“扭曲欲望”偷走，使其改过自新。与此同时，东京市内接连发生了一系列不可思议的精神暴走事件。作为高中生，莲在白天过着平凡的校园生活，而放学后则化身为“心之怪盗团”的成员，展开了一场壮大的冒险。随着怪盗团逐渐揭开幕后黑手的真面目，他们决心潜入新的魔宫，盗取宝物，揭露真相，并让罪犯改邪归正。这场以东京为舞台的传奇故事就此展开。