《命运之夜——天之杯Ⅰ：恶兆之花》讲述了卫宫士郎卷入圣杯战争的故事。十年前，士郎在几乎毁灭世界的大灾难中被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。十年后，士郎为了履行与已故养父的约定——成为“正义的伙伴”，每日进行魔术锻炼。某天，他意外被卷入圣杯战争，这是一场七位魔术师与七位英灵为争夺圣杯而展开的厮杀。圣杯能实现持有者的任何愿望，但士郎深知十年前的灾难正是由圣杯战争引发。为了避免悲剧重演，他与自己的英灵Saber一起投身于这场充满危险的战斗。与此同时，士郎的同伴间桐樱身上也开始显现出诡异的变化，预示着更大的危机即将来临。